北京口腔醫院院長白玉興日前在2019「院長對話·北京市屬醫院院長」節目中透露，未來，北京口腔醫院將整體遷建至花鄉地區，再次與老鄰居天壇醫院毗鄰而居。目前，北京口腔醫院已完成開工奠基，正在和有關部門進行土地交接工作。
為配合履行天壇公園申遺承諾、落實第三階段城南行動計劃等要求，北京口腔醫院將整體搬遷，繼續發揮三甲口腔專科醫院優勢，讓更多的百姓享受到方便、安全、優質的口腔醫療服務。口腔醫院新址總投資17億，預計2023年建成。
目前，北京口腔醫院屬於一院兩址，在王府井商業街北口的錫拉衚衕11號還有北京口腔醫院的王府井部。
口腔醫院為瞭解決患者第一次就診的困難，專門設立了「免費初篩門診」，幫助患者解決牙體牙髓、修復、牙周該掛哪個科的問題。