牙齒在消化系統中，負責切割及磨碎食物。咬合不正的患者，上下牙齒的嵌合度差，往往食物磨碎不完全就直接吞下肚子。粗大的食塊會增加胃腸器官的負荷，影響消化吸收。
2. 容易蛀牙
排列不整齊的牙齒，容易讓食物殘渣堆積在相互交錯重疊的牙齒之間，而且食物殘渣一旦進入了這些隱密的清潔死角，就很不容易刷洗出來，也因此將大大提高蛀牙的發生率，甚至出現口臭症狀。基本上不整齊的齒列，必須花更多的時間來潔牙。
3. 引起牙周病
4. 發音學習障礙
咬合不正的形式、程度，有可能影響發音的正確性，特別是在一些須以牙齒輔助的發音，例如：注音「厶」的音屬於舌尖前音，必須將舌頭伸向上下門牙之間才能正確的發音，如果上下門牙前後距離太大，將無法正確發音；另外像 「ㄈ」屬於唇齒音，如果上門牙太暴伴隨下唇後縮，則會無法正確發音，甚至會有漏風、噴口水的現象。
5. 阻礙顎骨的正常發育
咬合不正常常使得左右兩側咬合力不平均。在這種情況下，大部分的人下意識都會使用較好咀嚼的那一側吃東西，長久下來可能會影響顎骨的正常發育。
至於「功能性偏位咬合」則是指為了讓位置不好的牙齒也能夠有咬合，或者是為了避開咬合干擾，於是病人會刻意去偏移下顎，以便得到較多的上下牙齒咬合接觸面。病人在生長期時，不論是長期習慣使用單側咬合，或者是刻意歪一邊、功能性偏位的咬合方式，都將影響上下顎骨之間的平衡，阻礙顎骨的正常發育。
6. 牙科贋復物製作困難
牙科贋復物（也就是俗稱的假牙）是建立在現存的牙齒及牙周組織之上，必須和現存的牙齒及牙周組織合為一體。從形態的角度而言，若是現存的牙齒歪歪斜斜、高高低低，則贋復物也僅能將就地配合現狀來製作，製作上不但困難，製成品也不容易達到最佳美觀。
從力學的角度而言，現存咬合不正的牙齒，因咬合力方向不對，使我們製作的贋復物需承受這些不當方向的咬合力，這些力量隨時在搖晃著贋復物，將嚴重縮短贋復物的使用年限。
7. 容易造成前齒斷裂
比較前突的門牙或是排列偏離到正常齒列之外的牙齒，經常會在外傷碰撞中，早一步受到撞擊。因此，這類咬合不正的牙齒，因外傷而掉落或斷裂的比例偏高。
8. 顳顎關節障礙症
顳顎關節連接下顎骨與頭顱，左右各一，位置大約是在左右耳朵前方，是人體相當特殊的關節。上下牙齒的咬合，開口閉口的下巴活動都與顳顎關節有著密切的關係。若牙齒是歪斜的、咬合不正的，則上下牙齒咬合，開閉口的過程勢必會受阻礙而發生不平順的現象。
這個路徑也一樣會反應在顳顎關節的運動當中，當我們長期扭曲或是拉張顳顎關節，亦會引起顳顎關節障礙症，顳顎關節障礙嚴重者甚至會導致偏頭痛、肩痛及耳鳴等問題。
9. 口腔黏膜容易受傷
比較前突的暴牙或是排列偏離到正常齒槽脊之外的牙齒，其周圍的口腔黏膜，也是在外傷性破壞當中，受傷比例較高的。
10. 引起心理障礙
根據調查顯示，學生在學校遭受霸凌、被欺負，主要的原因之一是「身體的特徵」，暴牙、戽斗、肥胖等不雅外貌是最常見的。加上發音學習障礙，口齒不清等所引起的心理障礙，不論是來自於他人的嘲笑鄙視，或是來自於自己的自卑感、不滿及不安，皆會引起病態的壓抑或情緒的緊張，嚴重的甚至會有逃避、憎惡感或攻擊行為的表現。
齒列矯正的優點
排列良好的齒列才能發揮正常的咀嚼功能。食物經過牙齒的細嚼慢嚥，更能促進腸胃的吸收，如此才能擁有更健康的身體。充分咀嚼也可以增加腦部的血液循環，意即齒列好的人不容易罹患老年失智症。
所以咬合不正者進行矯正治療能獲得下列幾項優點：
